Aan het eind van de negentiende eeuw neemt de aandacht voor de plantenfysiologie toe. In dit vakgebied is de Utrechtse botanie zeer succesvol. Plantensystematiek verdwijnt definitief naar het tweede plan.
Voor de tuin heeft dit grote gevolgen, de studie naar de (chemische) processen in een plant vereist een heel andere omgeving dan de plantensystematiek. De bouw van een groot botanisch laboratorium, deels in de tuin, is een logische keus. Voor de beplanting betekent dit dat de kweek van materiaal voor plantenanatomie steeds meer grond in beslag neemt. Er worden in de Hortus in die tijd veel plantenfysiologie cursussen en vakken gegeven.