In 1723 verhuist de Hortus naar de Nieuwegracht. In Europa ligt de nadruk dan op het in kaart brengen van de plantenwereld; plantensystematiek.
De botanische wetenschap ontwikkelt zich onder leiding van de Zweedse arts en natuuronderzoeker Carolus Linnaeus. In 1735 verblijft hij drie jaar in Nederland en verricht baanbrekend werk op het gebied van plantensystematiek. Ten behoeve van deze wetenschap wordt de tuin ingedeeld in plantenfamilies.