Het UMU staat helemaal in het teken van de mysterybox. Maar hoeveel mysteryboxen zijn er eigenlijk in het museum? In totaal zijn er 25 boxen in het museum.
15 van deze boxen hebben een oogje met een touwtje eraan. Hiermee zijn de boxen vast gemaakt. Daarnaast zijn er 10 boxen gemaakt voor educatie. Deze worden gebruikt tijdens workshops, schoolbezoeken en andere activiteiten in het UMU. Omdat ze intensief worden ingezet, bouwt de constructeur ze extra stevig, zonder dat het geheime ontwerp wordt prijsgegeven.
Voor noodgevallen bestaat er ook een extra set reserveboxen. Deze worden vooraf gevuld met nieuwe inhoud, zodat een mysterie direct kan worden vervangen als een box per ongeluk wordt geopend.